制药废水处理面临的主要问题是污染物种类多、浓度高且成分复杂，冲击负荷大，虽不含有毒有害物质，但部分废水中抗生素的存在抑制生化处理时微生物的生长，废水还具有可生化性差，色度高等特点。
　　制药废水的水质特点使得多数制药废水单独采用生化法处理根本无法达标，不经过处理将影响微生物的活性，浓度过高甚至会杀死微生物，严重影响工艺，使得工艺无法正常运行，直接造成出水不达标。
　　所以在生化处理前必须进行必要的预处理。
　　根据实际情况采用某种物化或化学法作为预处理工序，如混凝、沉淀、格栅等，一般工业废水应设调节池，用于调节水质水量和pH值。
　　制药废水经过处理之后，达到降低水中的SS、盐度及部分COD的目的，制药废水中的生物抑制性物质减少、废水的可降解性提高，有利于制药废水的后续生化处理、保证了出水流量的稳定 、减少了生物池的冲击负荷、提高了制药废水处理出水水质。
　　当然，具体的工艺流程还需要根据实际水质来决定，部分浓度低，不含抑菌物质的废水也是可以不采用预处理，直接进行处理的。