Ⅱ级生物安全柜又称为层流生物安全柜。与工级生物安全柜不同之处是进入的空气先经HEPA过滤，保证覆盖台面上的空气是无菌的，不仅提供个人防护，也保护样品不受污染。Ⅱ级生物安全柜共分Ⅱ级A和Ⅱ级B型2种，又可进一步再分为Ⅱ级A 1、Ⅱ级A 2、Ⅱ级B 1、Ⅱ级B2型。Ⅱ级生物安全是自遏型的。流动空气中的70％可以反复循环再利用。

此种生物安全柜适合于细胞或组织培养、接触2～3级危险等级病原体的操作，如果穿正压防护服可在Ⅱ级生物安全柜上从事接触4级危险等级感染因子的操作。

Ⅱ级A型生物安全柜

Ⅱ级A型生物安全柜有1个内置风机将实验室空气以0．38 m／s的速率吸入安全柜，通过HEPA滤器后向下，在距工作台表面6．18 cm处分开，一半通过前面的排风格栅，另一半通过后面的排风格栅。所有实验中产生的气溶胶或液滴均被向下气流带走。气流经排出通道到达安全柜顶部的2个HEPA滤器之间，此时，约70％的气体经供风HEPA过滤器重新返回柜内操作区域被再利用，其余30％的气体经排风过滤器后被排到实验室再反复利用，或通过建筑物的排风系统排到外界。

外排风Ⅱ级

A2型、B1型、B 2型生物安全柜外排风Ⅱ级A2型、B1型、B 2型生物安全柜都由Ⅱ级A1型生物安全柜变化而来。这些生物安全柜各有特点，包括从开口吸人空气的速度、工作台面上再循环的空气量、柜内空气的排出量、安全柜的排风系统、压力装置，不同型别的生物安全柜可用于不同的实验目的。

Ⅱ级生物安全柜A型与B型的差异在于：覆盖工作台表面的循环气体和排出气体的量不同，排出系统不同，详细材料可以从制造商的说明书中获得。
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